一、来源不同
蜂巢由巢脾构成，蜂蜡由巢脾构成，蜂蜡来自蜂群中适龄工蜂蜡腺的分泌物，即蜂窝由蜜蜂自己的分泌物构成，蜂胶由蜜蜂收集树脂混合上腭腺和蜡腺分泌物加工而成，因此从来源来看两者有明显的不同，一个是蜜蜂自己分泌的，另一个是蜜蜂采集回来的。
二、作用不同
蜂巢和蜂胶对蜂群的作用不同，其中蜂窝用于饲养幼虫和储藏食物，蜂胶用于修补蜂巢，如果蜂窝是混凝土，蜂胶就像钢筋，而且蜂胶还是蜜蜂维持整个群体健康的有效物质，蜂巢的环境非常适合微生物的生存，没有蜂胶抑制这些微生物则蜂群极容易患病。
三、成分不同
蜂巢和蜂胶在成分上也有很大的不同，其中蜂巢的主要成分是蜂蜡，含有少的蜂蜜、蜂胶、蜂王浆、蜂花粉及蜂蛹衣等，而蜂胶是蜜蜂加工且成分极为复杂的物质，主要有树脂、蜂蜡及多种蜜蜂分泌物，也就是说在蜂巢中含量最多的成分是蜂蜡，但是在蜂胶中含量最多的成分却是树脂。
四、功效不同
蜂巢和蜂胶在效果上也有明显的差异，其中蜂巢的主要效果是抗菌消炎、解毒止痛等，一般用于处理各种局部炎症和外伤感染等（养蜂生产中也经常用于熬制蜂蜡），但蜂胶的主要效果是增强免疫、抗菌消炎、降脂降压等 ，因此特别适合于免疫力低下、高血压、高血脂、高血糖等人群服用。
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