一、南五味子和北五味子的形态不同。
1、北五味子：北五味子幼叶背面柔软，雄蕊4~5(6)张，不形成肉质花托，药室外侧裂，花乳白色或淡粉色。
2、南五味子：南五味子叶两面无毛，花蕊9~12张，形成肉质花托，药房内侧裂开，花橙黄色。
二、南五味和北五味分布的不同
1、北五味子：北五味子自然分布在黑龙江省小兴安岭、完达山、张广才岭、老爷岭等山区，主要产于东北和河北等地。
2、南五味子：南五味子喜欢温暖潮湿的气候，适应性强，对土壤要求不太严格，喜欢微酸性腐殖土，产于中国江苏、安徽、浙江、江西、福建、湖北、湖南、广东、广西、四川、云南等地。
三、南五味和北五味的性状不同
1、北五味：呈不规则球形或扁球形，直径5~8毫米，表面红、紫红或暗红，皱纹收缩，油润，表面呈黑红色或出现“白霜”，果肉柔软，种子1~2粒，肾形，表面黄棕色，有光泽，种皮薄而脆，果肉气微，味酸，种子粉碎后，有香气，味辛、微苦。
2、南五味子：球形或扁球形，直径4~6毫米，表面棕红色至暗棕色，干燥，皱纹收缩，果肉紧贴种子，种子1~2粒，肾形，表面棕黄色，有光泽，种皮薄脆。果肉味道微弱，味道微酸。
四、南五味和北五味的效果不同
1、北五味子：具有收敛固涩、益气生津、补肾宁心的效果，用于久咳喘、梦遗滑精、遗尿频繁、久泻、自汗盗汗、津伤口渴、内热口渴、心悸失眠等症状。
2、南五味子：具有收敛固涩、益气生津、补肾宁心的效果，用于久咳虚喘、梦遗滑精、遗尿频率、久泻、自汗盗汗、津伤口渴、短气脉虚、内热口渴、心悸失眠等症状。
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