一、哈密瓜选种晒种
把哈密瓜种子放在干净的地方手工筛选。去除畸形、霉变、破损、虫蛀的种子，选择留子粒均匀饱满的哈密瓜种备用。把选好的哈密瓜种子均匀地摊在干净的纸或者草席上，在晴天阳光充足的时候晾干。每隔2小时翻动一次，使瓜籽均匀接受阳光照射。通过晾晒，促进种子后熟，增强种子的活力，提高哈密瓜种子的发芽率，同时，阳光中的紫外线和高温可以杀死哈密瓜种子上携带的病原菌，减少种子传播病害的发生，而且种子晒得越干，浸泡种子后吸水速度也越快，有利于种子发芽。
二、哈密瓜种子消毒
一般采用温汤消毒法。在干净的瓷器或者玻璃容器中加入约55-60℃的热水，加水量最好是种子体积的5倍。将晒干的种子放入热水中浸泡烫，同时在同一个方向用玻璃棒或者木棍不断轻轻搅拌。随时加热水，保持55-60℃温度20-30分钟，使种子充分加热，并且使其受热均匀。然后不再加热水继续搅拌，直到水温下降到28-30℃左右，取出种子，沥干水分，准备浸泡种子。
三、哈密瓜种子浸种
将消毒结束沥干水的种子重新放入原来的容器中，倒入28-30℃的温水，然后经常加热水，保持25-30℃的温度。浸泡6-8小时后，将种子倒入大容器中，用手轻轻擦洗，擦去种子上的粘液（粘液中含有抑制种子发芽的物质，洗净后有助于种子发芽）。粘液洗净后，用清水洗净种子。
四、哈密瓜种子催芽
将浸泡好的种子沥干水分，用干净的湿纱布包裹，纱布周围用干净的湿毛巾包裹好，防止水分蒸发。然后把种子平摊放在准备好的容器底部，在容器内接近种子的地方插入一支温度计，用火炕、电热毯等为其加热保温，仔细检查温度计的温度，控制温度在25-28℃之间。催芽期间，应经常翻动种子，排除种子呼吸作用引起的二氧化碳、呼吸热等，更换新鲜空气，供给足够的氧气。在温度适宜的条件下，可以在24小时左右发芽，当种子刚开始变白的时候就可以播下种。催芽时尽量控制芽长在0.5厘米以内，防止催芽过长。芽子长得过长时容易折断，出苗率会下降。
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