一、砧木种子的收集
沙田柚的砧木要选择酸柚树（红肉柚和白肉柚都可以），到霜降季节柚子成熟，采完果实取出种子，立即处理，防止堆积发霉，影响发芽。先用草木灰水清洗种子外的胶质，再用清水洗妆，然后加入福尔马林1份、清水50份（或硫酸铜1份、清水160份）的稀释液中，浸泡10分钟，取出放置5分钟，立即用清水清洗，通风处阴干，播种。
二、砧木苗圃的选择
入秋前应事先选择果园场所，果园场所向南或向东南，通风透光良好，坡度在10度以下，土层较厚（20厘米以上），保水排水良好，灌溉方便，肥力中等沙质土或沙质黄土，风害少，无病虫害场所。过于粘重、脊薄、干燥、排水不良或地下水位高（1米以上）的地方，都不宜作苗圃地。
三、砧木苗圃的整理
砧木苗圃的合理深耕、精细整地可促进苗木根系生长，提高单位面积出苗率和苗木质量。播种前田地要深耕晒土，充分风化土质，田地周围要打开排水沟，便于排水。田地开始田埂的东西方向排列，一般畦宽1.2米、高15~20厘米，沟宽40厘米，畦长看地形而定，畦面要平，土粒细碎。播种前几天施草肥（每亩农家肥约1800公斤，草木灰150公斤，与表土混合）播种。
四、砧木苗圃的播种
10月下收到后处理的种子，立即播种，播种时在畦面上先开好横行小沟，行距10厘米，每亩用量约15~18公斤，可出苗木约6万株。播种后覆盖10厘米左右的细土，用蕨萁草、稻草等杂草覆盖畦面，淋水保湿，在方便灌水的地方也可灌1次“跑马水”渗湿地面。干旱时要注意浇水，保持田地湿润，促进种子发芽，幼苗出土后剥去覆盖的草。
五、砧木苗圃的管理
砧木苗出土后，苗床要经常保持湿润，但不积水。当幼苗长出两片真叶，叶片呈深绿色时，开始施肥。前期薄施工，10至半个月施1次，连续施6、7次，后期看苗木生长情况适当施肥，肥料以人畜粪尿和硫酸铵等氮肥为主，适当施用草木灰和磷酸钙等磷钾肥。
六、沙田柚苗的嫁接
为了加快苗木的繁殖，适应沙田柚生产的发展需求，尽量利用较小的砧木苗嫁接，嫁接方法有小芽切接法、枝切接法和“T”字形芽接法。小芽切接法适用于小砧木，可以提前嫁接，提前出田。小芽切接法和“T”字形芽接法适合在3月下旬至6月下旬（温度为15~20度），嫁接的苗木成活率最高。不同地区的气候条件不明显，枝条上幼芽萌发的迟早也不同，这取决于物候的变化。
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